Lors d'une telle migration les serveurs PHP et SQL peuvent être cassés. Pour éviter ce problème voici une procédure testé sur une VM. Avant de commencer sauvegardez vos base de données, fichiers de configuration et fichiers importants.
apt-get autoremove
aptitude purge ~C
pour supprimer les fichiers de configurations orphelins
/etc/mysql
/etc/apt/source.list
pour la migration vers la nouvelle version de Debian
apt-get update && apt-get upgrade && apt-get dist-upgrade
sutdown -r now
Après tout cela si besoin on reconfigure PHP et on réinstalle les bases de données.